Após tantas conquistas, os títulos da primeira década do Século XXI ainda reservam orgulho para a torcida xeneize. No dia 7 de Maio, o Boca Juniors vai receber da Federação de História e Estátistica do Futebol, a IFFHS, o prêmio de melhor equipe da América do Sul, entre 2001 e 2011. “Para nós é um verdadeiro orgulho receber um prêmio dessa importância, marca um reconhecimento a permanência do clube entre os primeiros” afirmou o Presidente da equipe, Daniel Angelici.
A glória chegou junto de Calos Bianchi. O treinador implantou sua filosofia no Boca e títulos e muitas alegrias vieram de brinde. Na estreia no comando da equipe conquistou um Apertura em 1998, mas foi na Libertadores que Bianchi fez história. Após conquistar o título com o Vélez em 1994, contra o São Paulo em pleno Morumbi, o treinador conseguiu o segundo título no Brasil e a primeira Libertadores na era Boca Juniors. Oscar Cordoba brilhou nas cobranças de pênaltis, e a equipe xeneize voltou a conquistar o continente. Em Dezembro do mesmo ano Martín Palermo anotaria dois gols para consolidar o título Intercontinental em cima do poderoso Real Madrid, fechando o século XX com grande estilo.
Mas a IFFHS premiou apenas as conquistas a partir de 2001. O bi da Copa Libertadores, decidido novamente nos pênaltis, mostrou a força de Carlos Bianchi e de seus comandados. Nem mesmo Palencia e seus companheiros do Cruz Azul conseguiram anular a felicidade xeneize em razão da conquista da única Libertadores em seu estádio na primeira década. Depois da derrota Bayern de Munique na final do Mundial, o Boca voltaria a conquistar um torneio continental somente em 2003, quando mais uma vez Carlos Bianchi foi ao Morumbi sagrar-se campeão em cima do Santos de Diego e Robinho.
Carlitos Tevez era um dos destaques da equipe, que venceria seu terceiro Mundial, dessa vez em 2003 quando derrotou o Milan nas cobranças de pênalti. A equipe voltaria para o Japão em 2007 para enfrentar o mesmo Milan. Sua última Libertadores foi conquistada no mesmo ano, e mais uma vez no Brasil, mas dessa vez contra o Grêmio com show de Juan Roman Riquelme.
A torcida xeneize teve o gostinho de triunfar também na Copa Sul-Americana nos anos de 2004 e 2005. No pacote vieram mais três Recopas Sul-Americanas, fechando a enorme lista de títulos internacionais do Boca Juniors, que além de conquistar o prêmio de melhor equipe sul-americana, ganhou de seus torcedores, o apelido de “Rey de Copas”.